原春晖

发布者:党政办3发布时间:2022-10-08浏览次数:10

原春晖  博士   

副教授 | 硕士生导师

临床医学系教师

邮箱:yuanch@zucc.edu.cn   办公地址:浙大城市学院北校区理1-317

研究方向:系统生物学,生物信息学




个人简介

原春晖,副教授,硕士生导师。主要研究方向为:非编码RNA调控、多组学数据整合算法及工具开发、利用人工智能的挖掘多组学数据中疾病标志物并建立疾病诊断模型。主持国家自然科学基金、浙江省自然科学基金和中国博士后科学基金各1项,参与国家自然科学基金6项。发表论文二十余篇,以一作或共同一作在Nucleic Acids Research、Bone Research等高水平杂志发表论文多篇,授权发明专利4项。


科研项目

1.基于多组学鉴定甲状腺乳头癌转移的非编码区多肽标志物及其功能研究,国自然青年科学基金项目

2.联合全转录组测序和质谱技术鉴定结直肠癌相关的长非编码RNA 多肽,浙江省自然科学基金项目

3.基于高通量测序数据挖掘不同关节炎亚型的特征lncRNA,中国博士后面上项目

 

研究与成果

1.骨关节炎第一亚型的生物标记物以及用途,授权号:CN109680046B,专利号:ZL201910042975.3,授权公告日:2021-08-10

2.骨关节炎第二亚型的生物标记物以及用途,授权号:CN109709341B,专利号:ZL201910043019.7,授权公告日:2020-12-15

3.骨关节炎第三亚型的生物标记物以及用途,授权号:CN109680059B,专利号:ZL201910042993.1,授权公告日:2021-08-10

4.骨关节炎第四亚型的生物标记物以及用途,授权号:CN110066866B,专利号:ZL201910042972.X,授权公告日:2021-12-07


发表论文

近五年代表文章

1.Zhong C, Dong Y, Zhang Q, Yuan C#, Duan S#. Aberrant Expression of miR-1301 in Human Cancer. Front Oncol. 2022 Jan 5;11:789626. doi: 10.3389/fonc.2021.789626. PMID: 35070996; PMCID: PMC8767067.

2.Zhu T, Chen H, Yan X, Wu Z, Zhou X, Xiao Q, Ge W, Zhang Q, Xu C, Xu L, Ruan G, Xue Z, Yuan C#, Chen GB#, Guo T#. ProteomeExpert: a docker image based web-server for exploring, modeling, visualizing, and mining quantitative proteomic data sets. Bioinformatics. 2021 Jan 8;37(2):273–5. doi: 10.1093/bioinformatics/btaa1088. Epub ahead of print. PMID: 33416829; PMCID: PMC8055226.

3.Ge W*, Liang X*, Zhang F*, Hu Y, Xu L, Xiang N, Sun R, Liu W, Xue Z, Yi X, Sun Y, Wang B, Zhu J, Lu C, Zhan X, Chen L, Wu Y, Zheng Z, Gong W, Wu Q, Yu J, Ye Z, Teng X, Huang S, Zheng S, Liu T#, Yuan C#, Guo T#. Computational Optimization of Spectral Library Size Improves DIA-MS Proteome Coverage and Applications to 15 Tumors. J Proteome Res. 2021 Dec 3;20(12):5392-5401. doi: 10.1021/acs.jproteome.1c00640. Epub 2021 Nov 8. PMID: 34748352.

4.J. Wang, Y.L. Orlov, X. Li, Y. Zhou, Y. Liu, C. Yuan#, M. Chen#, In situ dissecting the evolution of gene duplication with different histone modification patterns based on high-throughput data analysis in Arabidopsis thaliana, PeerJ 9 (2021) e10426.

5.Yuan C*, Pan Z*, Zhao K, Li J, Sheng Z, Yao X, Liu H, Zhang X, Yang Y, Yu D, Zhang Y, Xu Y, Zhang ZY, Huang T, Liu W, Ouyang H. Classification of four distinct osteoarthritis subtypes with a knee joint tissue transcriptome atlas. Bone Res. 2020 Nov 12;8(1):38. doi: 10.1038/s41413-020-00109-x. PMID: 33298863; PMCID: PMC7658991.

6.Yuan C*, Meng X*, Li X, Illing N, Ingle RA, Wang J, Chen M. PceRBase: a database of plant competing endogenous RNA. Nucleic Acids Res. 2017 Jan 4;45(D1):D1009-D1014. doi: 10.1093/nar/gkw916. Epub 2016 Oct 7. PMID: 28053167; PMCID: PMC5210625.

7.Yuan C, Wang J, Harrison AP, Meng X, Chen D, Chen M. Genome-wide view of natural antisense transcripts in Arabidopsis thaliana. DNA Res. 2015 Jun;22(3):233-43. doi: 10.1093/dnares/dsv008. Epub 2015 Apr 28. PMID: 25922535; PMCID: PMC4463847.

8.Chen D*, Yuan C*, Zhang J, Zhang Z, Bai L, Meng Y, Chen LL, Chen M. PlantNATsDB: a comprehensive database of plant natural antisense transcripts. Nucleic Acids Res. 2012 Jan;40(Database issue):D1187-93. doi: 10.1093/nar/gkr823. Epub 2011 Nov 3. PMID: 22058132; PMCID: PMC3245084.


教学与课程

目前担任本科生课程:《临床流行病学与循证医学》、《生命科学导论》、《护理科研》的本科教学,曾担任《RNA-seq分析》等教学课程。

 

出版著作

1.副主编:《生物信息学实验》,科学出版社,2022

 

社会兼职

1.浙江省生物信息学会青年委员会,副秘书长

2.浙江省生物信息学会,理事

3.中国生物医学工程学会组织工程与再生医学分会,会员

 

实验室介绍

从系统生物学角度进行精准医药学研究,对基因组、转录组、单细胞转录组、蛋白组和表观组等多组学生物医学大数据进行整合分析。主要研究方向为:1.基于人工智能方法与多组学技术的疾病分型/预测及其精准用药研究;2、基于多组学的生物信息学算法及工具开发。